Temeljni kamen samostana i crkve, posvećene apostolima sv. Filipu i Jakovu, postavljen je 24. lipnja 1723. godine. Crkva je izgrađena i blagoslovljena 1733. godine.

Jednostavna barokna jednobrodna crkva, dužine 28 metara i sa 7 oltara, svoj konačni oblik dobila je pregradnjom i proširenjem 1896/97. godine prema projektima bečkog arhitekta Richarda Jordana. Tako proširena crkva na 58 metara, s dva bočna broda ili kapele, te s novim polukružnim svetištem, oltarima i vanjskom siluetom postaje impresivni sklop i najmarkantnija građevina baroknoga Vukovara. Godine 1911. crkva dobiva zadnji monumentalni neobarokni svodni oslik u Hrvatskoj koji su izradili Franjo Horvat i Anton Brollo iz Maribora.

U ratnom stradanju 1991. godine crkva je zajedno sa samostanom teško stradala. Obnovljena sredstvima Zagrebačke županije, Fonda za obnovu i razvoj grada Vukovara te mnogobrojnih donatora, posvećena je 27. listopada 2013. godine, s novim orguljama i cjelokupnim crkvenim inventarom.