Prvi franjevački samostani u Hrvatskoj datiraju iz 13. stoljeća, a u srednjem vijeku bilo ih je i u okolici Vukovara. Većina ih je stradala za vrijeme osmanlijske okupacije, ali unatoč tome franjevci nisu otišli, nego nastavljaju pastoralno djelovanje, nerijetko i po cijenu mučeništva. Kronika franjevačkog samostana bilježi da je 1695. godine župnik vukovarske župe bio fra Martin, rodom iz Nijemaca. Prvobitna drvena crkva i rezidencija franjevaca u Vukovaru prerastaju u zidani samostan i crkvu posvećenu sv. Filipu i Jakovu, apostolima, čija gradnja započinje 1723. godine, a završava 1733. godine.

Franjevci su u gradu 1736. godine pokrenuli javno pučko školstvo, a već od 1733. godine punih 50 godina djeluje provincijski studij filozofije. Od 1803. godine do 1885. godine uz kraće je prekide djelovao i studij teologije. Tijekom tog vremena u samostanu su djelovali brojni vrsni profesori filozofije i teologije, književnici i pjesnici koji su bili stvaratelji i sakupljači vrijednih i rijetkih knjiga na hrvatskom i latinskom jeziku te umjetničkog kulturnog blaga.

Godine 1896. povećanjem broja vjernika na sedam tisuća započinje proširenje crkve u trobrodnu crkvu s pet oltara u neobaroknom stilu, izgrađenu prema nacrtima bečkog arhitekta Richarda Jordana.

Kada se 1991. godine grad Vukovar našao u potpunom okruženju, vukovarski franjevci ostali su sa svojim narodom pružajući mu svojom nazočnošću podršku i blagoslov. To su činili i u logorima, progonstvu i povratku. Dug i plodonosan boravak i djelovanje franjevaca u Vukovaru duboko su utkani u povijesni mozaik grada, kao i u njegovu sadašnjost.