Slobodni prostor unutar samostanskih krila zove se klaustar. Gvardijan fra Ivan Barkić 1751. godine dao je iskopati bunar kojega danas više nema. Kroz povijest lukovi prizemlja mijenjali su svoje oblike, a u izvorno stanje uz puno napora i odvažnosti vraćeni su 1971., za vrijeme gvardijana fra Ivana Kovača koji ih je dao ostakliti. U klaustru su sve do obnove bili paunovi na udivljenje mnogim prolaznicima, a nakon obnove prostor je prenamijenjen za sadržaje vjernicima, osmišljen za višenamjensku svrhu, u kojemu vjernici Vukovara i hodočasnici mogu iskazati svoju pobožnost sv. Antunu, kao i za održavanje koncerata, predavanja, filmova, raznih radionica i okupljanja.

Obnova je provedena 2017. godine povodom blagdana sv. Antuna, jer je u središte klaustra postavljen novi brončani kip sv. Antuna Padovanskog, najštovanijeg vukovarskog sveca. Autorsko je to djelo akademskog kipara Igora Maštruka iz Zadra. Kip je izrađen u prirodnoj veličini, a njegova izražajnost, kao i odnos sv. Antuna i Isusa pobuđuju na pobožnost. Bronca kao vječni materijal, po svojoj patini, s vremenom će poprimiti prepoznatljivu svjetlozelenu boju. Prostor dodatno ukrašavaju dva stabla magnolije posađena po uzoru na svetište sv. Antuna u Padovi.

Za uređenje klaustra zaslužni su vjernici Vukovara, gradska tvrtka Komunalac d.o.o. i Ministarstvo regionalnog razvoja i fondova Europske unije. Prema obnovljenoj koncepciji prostor je postao mjesto mira, sabranosti i molitve. Odiše franjevačkim duhom – čistoćom, jednostavnošću, smirenošću i skladnošću s
arhitekturom.