U franjevačkoj kripti nalazili su se sarkofazi s posljednjim ostacima braće franjevaca i članova grofovske obitelji Eltz. Nakon protjerivanja braće franjevaca iz samostana 1991. godine posmrtni su ostaci iz franjevačke kripte poradi traganja za zlatom i oružjem u potpunosti isprevrtani i devastirani, zemljani je pod raskopan, a sarkofag sv. Bone zapaljen. Danas je kripta dobila novi oblik. Prvi dio kripte uređen je kao molitveni prostor, a u drugom dijelu postavljeni su sarkofazi grofova Eltz i njihove spomen ploče s popisom pokojnih.