Još u nedovršenom samostanu 1733. godine započeo je provincijski studij filozofije i djelovao punih 50 godina do njegova ukinuća 1783. godine. Studij je pohađalo 5 do 10 klerika, a predavanja održavali profesori-lektori filozofije. Po završenom studiju održavale su se javne rasprave u crkvi posvećene uglednicima. Godine 1803. otvoren je studij teologije, koji je uz kraće prekide trajao do 1885. godine, a pohađalo ga je redovno između 8 i 12 studenata.

Pored ove visokoškolske ustanove, 1736. godine franjevci su osnovali i dalje skrbili za javnu nižu pučku školu, te višu latinsku školu u Vukovaru, a vukovarski je gvardijan bio ravnatelj svih rimokatoličkih škola u Vukovaru. Plodan rad ovih učilišta ogleda se u bogatstvu samostanske knjižnice i velikom broju franjevaca, znanstvenika i pisaca koji su ih pohađali ili na njima djelovali. Uz knjižnu građu, sakupljena zbirka dokumenata, starih karata, kao i Franjevačka kronika pisana od 1723. godine do danas predstavljaju prvorazredni izvor za povijest grada Vukovara.

Franjevci vukovarskog područja ostavili su prva književna djela – u početku rukopisna, a kasnije tiskana. U Vukovarskoj samostanskoj knjižnici sačuvano je nekoliko rukopisa, u pravilu vjerskog sadržaja, a pisali su ih vukovarski franjevci fra Filip Vukovarac, fra Ernest Benišić, lektor teologije, fra Cecilijan Ockl, vukovarski gvardijan, fra Josip Janković, prof. teologije, proslavljeni teološki pisac i generalni definitor franjevačkog reda, fra Antun Tomašević, lektor teologije, fra Ivan Velikanović, upravitelj župe i plodni pisac, fra Bono Mihaljević, teološki pisac, fra Samuel Kocijan, pjesnik, fra Robert Kauk, pisac i pjesnik, fra Grgur Čevapović, vjerski i dramski pisac, povjesničar, autor prve drame izvedene u Vukovaru na hrvatskom jeziku, fra Đuro Bencetić, župnik, definitor i generalni vizitator i fra Placido Belavić, povjesničar i pisac vukovarskih tema.