U Domovinskom ratu, u kojem se Hrvatska branila od velikosrpske agresije, Vukovar je teško stradao. Ratna statistika govori o 890 poginulih branitelja, gotovo 3 000 poginulih civila, među kojima 86 djece. Bez jednog ili oba roditelja ostalo je 858 djece. Na stratištu Ovčara mučki je ubijeno 260 ranjenika i civila iz Vukovarske ratne bolnice. Još uvijek se više od 300 osoba vode kao nestale. Kroz ratnu bolnicu Vukovara prošlo je 2 500 ranjenika. Rođeno je 16 djece. Gotovo 15 000 Vukovaraca prognano je iz svoga grada te su u progonstvu bili razmješteni u više od 650 mjesta širom Hrvatske. U srpske koncentracijske logore odvedeno je 8 000 civila i branitelja, gdje su proveli od 3 do 9 mjeseci, a među njima bili su i vukovarski franjevci.

Cjelokupni franjevački kompleks pretrpio je strahovita razaranja s obzirom na to da je posljednji mjesec na grad dnevno padalo oko 5 000 raznih projektila, pri čemu je u potpunosti razoreno krovište i zvonik, dok je zidni oslik u crkvi s vremenom u potpunosti propao uslijed atmosferilija. Crkveni inventar je devastiran do neprepoznatljivosti – drveni su oltari nestali, a mramorni oltar Gospe Žalosne razbijen u komade. Orgulje, klupe i ispovjedaonice su zapaljene. Nestaju brojne vrijedne knjige, a uz njih i slika sv. Filipa i Jakova s glavnog oltara, barokni kip sv. Bonaventure, slika sv. Ane, velika slika iz blagovaonice Večera u Emausu, 14 postaja križnoga puta te mnogi drugi umjetnički predmeti.

Sarkofag sv. Bone je zapaljen, a kripta s posmrtnim ostacima franjevaca, kao i sarkofazima grofovske obitelji Eltz devastirana. Kao da to nije bilo dovoljno, u zidovima i stupcima izbušene su 22 minske rupe u nakani da se crkva sruši, što se na sreću nije ostvarilo.

U povratku 1998. godine u razrušenoj crkvi nađen je korpus Isusa bez jedne noge i jedne ruke, koji će kao Ranjeni Isus, po posveti pape Ivana Pavla II. 2003. godine u Osijeku, postati simbolom vukovarskog stradanja, ali i opstojnosti.