Izgradnja prvotnog zvonika započela je istodobno s ostatkom franjevačkog kompleksa 1723. godine, a završen je, s piramidalnim vrhom, tek 1743. godine. Ovaj zvonik bio je skromniji i nešto niži od današnjeg. U zvoniku je bilo čak pet masivnih baroknih zvona zbog čega je bio kratkog vijeka jer se zbog slabih temelja ubrzo počeo naginjati. Nakon što su ga srušili 1752. godine, tesar Karl Placht podigao je privremeni drveni zvonik 1759. godine. Današnji elegantni toranj, visok 37 metara, projektirao je i gradio vukovarski zidarski majstor Johann Michael Weichmann 1774. godine. Tom prigodom svih pet zvona premješteno je u novi zvonik, gdje su se nalazila do 1916. godine, a 1924. godine postavljena su tri nova zvona.

Na uglovima zvonika u razini prvoga vijenca, koji se s malim pomakom nastavlja na vijenac crkve, postavljene su dvije kamene skulpture anđela. Pod samom je kapom na sva četiri pročelja zvonika izvedena rozeta sata, a završetak tornja, sa složenom drvenom lukovicom obloženom limom te piramidom i pozlaćenim križem na vrhu, više je puta mijenjan, a današnji oblik datira iz 1874. godine. Granatiranjem vukovarskog tornja sv. Filipa i Jakova 1991. godine uništena su sva zvona. Dva oštećena zvona nalaze se u samostanskom dvorištu. Tijekom obnove crkve i samostana u novi su toranj 2000. godine postavljena i četiri nova zvona. Ljevač zvona je Grossmayer-Innsbruck.

Tijekom povijesti franjevačke crkve zvona sa svojim posebnim nazivima mijenjala su se u više navrata. Postavljena zvona iz 1924. godine srušena su i oštećena zajedno sa zvonikom u srpskoj agresiji na Vukovar 1991. Ratom oštećena dva zvona nalaze se u samostanskom dvorištu.

U jubilejskoj 2000-toj godini podignuta su četiri zvona. Prvo zvono s natpisom Kraljica Hrvata teži 1070 kg, drugo s natpisom Sv. Filip i Jakov, ap. teži 550 kg, treće s natpisom 100 god. Provincije sv. Ćirila i Metoda teži 515 kg, dok četvrto nosi natpis Krist, jučer, danas, sutra i teži 250 kg. Zvona su elektrificirana i redovito pregledavana. Ljevač zvona je Grossmayer-Innsbruck. Postolja zvona su željezna i u dobrom su stanju.