Stvaranje zbirki kulturno povijesne i umjetničke građe započinje povratkom franjevaca u Vukovar 1687. godine nakon oslobađanja ovog područja od otomanske vlasti i traje više od tri stoljeća. Na vrijednost tih zbirki ukazivala su već djela starijih povjesničara poput fra Placida Belavića i fra Paškala Cvekana. Tragični događaji, razaranja i okupacija u velikosrpskoj agresiji na Vukovar i Hrvatsku od 1991. do 1996. godine potencirali su potrebu za sustavnim prikupljanjem, valorizacijom, čuvanjem i prezentacijom muzejske građe, što je sada izvedeno uz pomoć Gradskog muzeja Vukovar.

S obnovom franjevačkog kompleksa, pored stambenog trakta redovnika i klauzure, otvorio se i prostor za muzej na dvije etaže, u koji su uvršteni riznica s vrijednim umjetničkim blagom, galerija slika starih majstora, knjižnica raritetnih knjiga, a posjetiteljima je omogućen pristup crkvi, kripti, zvoniku i klaustru, novoj knjižnici s čitaonicom te ostalim sadržajima poput vinoteke i suvenirnice, uključujući i vanjski prostor u kojem se nalazi Pastoralni centar sv. Bono i šetnica s pogledom na Dunav.

Potpisivanjem ugovora 24. kolovoza 2017. godine sa Središnjom agencijom za financiranje i ugovaranje programa i projekata Europske unije pri Ministarstvu regionalnog razvoja i fondova Europske unije počinje ostvarenje projekta Integracija kulturne i povijesne baštine Franjevačkog samostana u turističku ponudu grada Vukovara uz sufinanciranje Fonda za obnovu i razvoj grada Vukovara. Projekt se provodi u suradnji s Konzervatorskim odjelom Ministarstva kulture RH u Vukovaru i u zajedništvu s partnerima: Gradom Vukovarom, Gradskim muzejom Vukovar, Turističkom zajednicom grada Vukovara i Vukovarsko-srijemskom županijom. Ovim projektom Franjevački muzej s već posvećenom crkvom sv. Filipa i Jakova daruje novu dimenziju u bogatoj kulturnoj i povijesnoj baštini Vukovara.